第一，不吃內臟。重金屬等污染物容易積聚在貝類生物的內臟團中，而肌肉中的重金屬含量最低。因此，只能吃貝類的肌肉部分。“看顏色”是較簡單的判斷方法。打開殼后，略微發黑的肉塊多是內臟團。有些貝類內部有一根黑色的沙線，也不能吃。
第二，挑外殼平滑的。相對于外表疙疙瘩瘩的生蠔、扇貝等，蟶子、貽貝等外表干凈、平滑，附著臟東西少，相應污染也少。
第三，鹽水浸泡，充分加熱。烹飪前，先要把貝類放入食鹽水中“養”一段時間，這樣能幫助貝類排出各種毒素和沙子，然后，用小刷子仔細清潔貝殼的表面。烹飪手法首選蒸、煮等，能徹底加熱、殺死細菌。燒烤的方法易造成受熱不均，外熟里生，建議少用。
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